석남사는 한철 안거를 나는 금당선원과 1년 결사를 하는 심검당, 소임자 스님들이 참선하는 정수선원 등으로 구분된다. 대중은 선원장인 법희 스님의 엄격한 지도 아래 매일 11시간이 넘도록 입선하고 있다. 특히 새벽 3시에 일어나 예불대참회문에 따라 108배를 올리고, 발우로 아침공양을 한다. 결제기간 동안 출타 또한 금지된다.

석남사는 ‘법답게 살라’는 성철 스님과 인홍 스님 유훈에 따라 여느 사찰보다 엄격한 규율을 바탕으로 생활한다. 다른 사찰 스님들이 석남사 스님들에게 ‘여법 떤다’는 농을 던질 만큼 한 치의 흐트러짐도 용납하지 않는다.

석남사 주지 구과 스님은 “석남사는 모든 절 살림을 선원 운영에 맞추는 것이 특징이다. 엄격한 규율로 인해 마치 시집살이처럼 보이기도 하지만 선원이 최우선이기 때문에 지금도 많은 비구니스님들이 방부를 들인다”며 “예부터 선방스님들을 번거롭게 하는 게 절대금물이었다. 오로지 공부만 하도록 돕는 게 다른 사찰과의 차이”라고 설명했다.

한편 석남사는 우리나라에 선종을 처음으로 도입한 도의국사가 824년(신라 현덕왕 16)에 창건했다고 전해진다. 임진왜란 때 왜적에 의해 전소돼 한동안 폐사됐다가 1674년(현종 15) 당시 재건이 이뤄졌다. 하지만 1950년 6.25한국전쟁으로 인해 다시 전소되는 불운을 맞았다. 이후 1957년 인홍 스님에 의해 여러 건물이 중창되는 등 면모를 일신해 현재에 이르렀다. 불자들에게는 대규모의 비구니 종립특별선원으로 알려져 있으며, 도의국사 사리를 봉안한 ‘울주 석남사 승탑’(보물 제369호) 등 많은 문화재가 남아있다.